Alguns afirmam que a mente humana organiza naturalmente seu conhecimento do mundo em tais sistemas. Esta visão é baseada frequentemente na epistemologia de Immanuel Kant.
Antropologistas têm observado que as taxonomias são inerentes à cultura local e aos sistemas sociais, servindo a várias funções sociais. Talvez o estudo mais bem conhecido e mais influente de taxonomias populares seja o The Elementary Forms of Religious Life de Emile Durkheim . As teorias de Kant e Durkheim influenciaram também Claude Lévi-Strauss, o fundador do estruturalismo antropológico. Levi-Strauss escreveu dois livros importantes em taxonomias: Totemism e The Savage Mind.
Taxonomias como as analisadas por Durkheim e Levi-Strauss são chamadas às vezes de taxonomias populares para distinguí-las das taxonomias científicas, que sustentam a dissociação das relações sociais e assim chegar ao objetivo e ao universal. A mais famosa e mais extensamente utilizada taxonomia científica é a taxonomia de Lineu, que classifica as coisas vivas e foi criada por Carl von Lineu. Este sistema taxonómico pode ser encontrado no artigo árvore evolucionária.
Nos anos recentes, a classificação taxonómica ganhou apoio da biologia computacional / bioinformática, empregando o método das árvores filogenéticas.
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